Dalam rangka menjalin kemitraan demi mewujudkan pelayanan yang prima, Rumah Sakit Bhayangkara Kupang telah melakukan kerjasama antara lain dengan:

• Beberapa Lembaga Pendidikan Kesehatan yang mempercayakan pendidikan mahasiswanya di Rumah Sakit Bhayangkara Kupang dalam bidang keperawatan, kebidanan dan kefarmasian Rumah Sakit.
• Menjalin Kerjasama dengan BPJS Kesehatan guna melayani masyarakat yang memiliki BPJS Kesehatan
• Menjalin Kerjasama dengan BPJS Ketenagakerjaan, untuk penanganan pasien BPJS Ketenagakerjaan
• Menjalin Kerjasama dengan PT. Jasa Raharja, untuk penanganan korban kecelakaan
• Menjalin Kerjasama dengan Sejumlah Asuransi Seperti AdMedika, BNI Life, Axa Mandiri, BRILife. agar pasien dapat dilayani dengan maksimal
• Menjalin Kerjasama dengan Sejumlah BUMN seperti Telkom, Pertamina, PLN, dll